自序凡例卷一阴阳水火气血论男女异同论脏腑病机论脉证死生论用药宜忌论本书补救论卷二吐血呕血咯血唾血咳血鼻衄脑衄目衄耳衄齿衄舌衄大衄零腥吐脓卷三汗血血箭血痣血瘙疮血创血跌打血卷四便血便脓尿血经血崩带产血卷
养生肤语
灵枢九针十二原第一法本输第二法地小针解第三法人邪气藏府病形第四法时根结第五法音寿天刚柔第六法律官针第七法星本神第八法民终站第九法野经脉第十经别第十一经水第十二经筋第十三骨度第十四五十营第十五营气第十六
一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
序脉象大旨左右手配脏腑部位五脏平脉四时平脉呼吸沉浮定五脏脉三部所主诊脉之道脉阴阳类成妇人脉法小儿脉诊家宗法附录诸脉条辨持脉总论
卷一脏腑经络先后病脉证第一痉湿病脉证并治第二卷二百合狐惑阴阳毒病脉证并治第三疟病脉证并治第四中风历节病脉证并治第五血痹虚劳病脉证并治第六肺痿肺痈咳嗽上气病脉证并治第七卷三奔豚气病脉证并治第八胸痹心痛短
潘序黄序王序马评汤序马评吴序自序凡例重订凡例卷一痈疽总论部位论名烂溃不敛患孔毒根翻花起肛毒瓦斯攻心阴症门阴疽论阴疽治法流注甲疽井泉疽瘰小肠疽鹤膝风横乳岩贴骨疽骨槽风恶核痰核石疽善头鹅掌风鹅爪风冻疮阴疽
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
序医治整理补接次第口诀又治伤损方论
尚论后篇